Tọa lạc ở đường Báo Quốc, thuộc phường Phường Đúc, thành phố Huế, chùa Báo Quốc ban đầu có tên là Hàm Long Sơn Thiên Thọ Tự, do Thiền sư Giác Phong dựng vào cuối thế kỷ XVII, đời Chúa Nguyễn Phúc Tần. Đến năm 1747, Chúa Nguyễn Phúc Khoát ban cho chùa tấm biển "Sắc Tứ Báo Quốc Tự" có ghi dòng chữ : "Quốc Vương Từ Tế đạo nhân ngự đề".

Vào thời Nguyễn, chùa đã được trùng tu nhiều lần. Năm 1808, Hoàng Hậu Hiếu Khương cho tái thiết ngôi chùa, xây tam quan, đúc đại hồng chung, bảo khánh � và đổi tên là chùa Thiên Thọ. Thiền sư Phổ Tịnh được cử làm trụ trì trong thời gian này.

Năm 1824, vua Minh Mạng ngự thăm chùa và sắc lấy tên "Báo Quốc Tự". Nhà vua đã tổ chức đại giới đàn tại chùa nhân lễ Vạn thọ tứ tuần đại khánh vào năm 1830.

Đến năm 1858, do chùa bị hư hỏng nhiều, vua Tự Đức và Hoàng Thái hậu Từ Dũ đã ban tiền trùng tu ngôi chánh điện và các công trình khác. Chùa đã được liên tục trùng tu, mở rộng đến cuối thế kỷ XIX.

Trong phong trào chấn hưng Phật giáo vào những năm 1930, chùa đã có nhiều đóng góp về mặt đào tạo tăng tài cho Phật giáo. Năm 1935, trường Sơ đẳng Phật giáo được mở tại chùa. Đến năm 1940, trường Cao đẳng Phật giáo cũng lại được mở tại đây. Chùa trở thành một trung tâm đào tạo Tăng Ni cho đến ngày nay.

Năm 1957, Giáo hội Tăng già Thừa Thiên và Ban Quản trị chùa đã tổ chức đại trùng tu ngôi chùa. Hòa thượng Thích Trí Thủ, vừa là Giám đốc Phật học đường, vừa là trụ trì chùa, đã có những đóng góp to lớn cho Phật giáo nói chung và cho việc tái thiết ngôi tổ đình trang nghiêm với những nét kiến trúc cổ kính nói riêng.

Chùa được xây dựng kiểu chữ "Khẩu" trong khuôn viên rộng khoảng 2 ha. Qua cổng tam quan cổ kính, đồ sộ, du khách đi qua một sân rộng, đến sân trong trồng nhiều cây tùng và các cây cảnh khác, có lan can bao bọc. Phía trái là khu tháp Tổ, cổ nhất là tháp Ngài Giác Phong, xây năm 1714, cao 3,30m. Ở tiền điện có 4 trụ đắp rồng nổi, ở thành bậc tam cấp cũng có đôi rồng, hai vách trang trí hoa văn bằng mảnh sành rất công phu.

Điện Phật được bài trí tôn nghiêm. Các tượng thờ đều đặt trong khung kính. Án thờ cao nhất ở gian giữa là tượng Phật Tam Thân và hai bộ kinh tạng Đại Thừa. Trước tượng Tam Thân là bảo tháp thờ xá-lợi Phật. Án thờ kế là tượng đức Phật Thích-ca, hai bên là tượng A-nan và Ca-diếp. Án ngoài cùng đặt một bộ kinh Pháp Hoa, hai bên là chuông, mõ. Án hai bên thờ đức Phật Dược Sư và Bồ-tát Quan Âm. Đây là cách thờ tự đã được sửa đổi từ khi Hòa thượng Phước Hậu được phong Tăng cang và trụ trì chùa Báo Quốc vào năm 1939. Còn trước phong trào Chấn hưng Phật giáo, chùa Báo Quốc cũng như đa số các chùa cổ ở Huế đều chịu ảnh hưởng thuyết "Tam giáo đồng nguyên".

Từ năm 1959, trong khuôn viên của chùa, trường tiểu học Hàm Long được thành lập do thầy Thiên Ân làm Hiệu trưởng. Đến năm học 1961 -1962, trường mở thêm bậc trung học do thầy Thân Trọng Hy làm Hiệu trưởng. Kế tiếp Hiệu trưởng là các thầy Trương Như Thung, Thích Phước Hải, Thích Thiện Hạnh, Thích Đức Thanh, Thích Hải Ấn. Ban đầu trường có tên là Trường trung tiểu học tư thục Hàm Long, sau đổi tên là Trường Bồ Đề Hàm Long, hoạt động đến năm 1975.

Ngày nay, tên trường Hàm Long chỉ là một kỷ niệm ngọt ngào như nước giếng Hàm Long, nhưng đóng góp của chùa Báo Quốc về mặt giáo dục thật đáng ghi nhận.